Synthetische cellen

Dit zijn ze dan beste Cryptolezers. Dé oplossing voor al onze aardse problemen. Een paar blauwe klompjes cellen van 40 miljoen dollar. De broertjes van deze cellen gaat voor ons straks olie, melk, vlees en medicijnen maken.

Knippen, plakken… klaar!

Sterk staaltje van de knutselaars in de US. Ze zijn er in geslaagd een levende cel te maken met gesynthetiseerd DNA. Dr. Venter, pionier op het gebied van DNA, omschrijft de cel als:

the first self-replicating species we’ve had on the planet whose parent is a computer

Eerst maar even de technische details. Sciencemag heeft het allemaal in fulltext online geknald. Komtie;

Creation of a Bacterial Cell Controlled by a Chemically Synthesized Genome, Daniel G. Gibson et al. [fulltext PDF]

Hier nog even de press-release en een forum voor vragen van Sciencemag.

Nog meer weten? Dat kan! Het laatste woord is er nog niet over gesproken. Uw Crypto maakt voor u een selectie van artikelen:

New York Times artikel:

In response to the scientific report, President Obama asked the White House bioethics commission on Thursday to complete a study of the issues raised by synthetic biology within six months and report back to him on its findings. He said the new development raised “genuine concerns,” though he did not specify them further […]

He has not created life, only mimicked it

Interview uit 2008 met Graig Venter, de man achter het project.

Commentaar van ‘Friends of the Earth’

Mr. Venter should stop all further research until sufficient regulations are in place

Bioloog PZ Meyers van het scienceblog Pharyngula

Give it a decade or two, though, and we’ll have all kinds of new capabilities in our hands. The ethical concerns now are a little premature, though, because we have no idea what our children and grandchildren will be able to do with this power

Last but zeker niet least en een aanrader:

Notes, thoughts, and news on synthetic biology by Christina Agapakis van haar scienceblog Oscillator:

Does the Venter Institute’s achievement show that life is just chemicals? I don’t think so

Dat was het leesvoer. Vragen, opmerkingen of andere lezenswaardige artikelen kunt u natuurlijk kwijt in de comments.

26 Responses to Synthetische cellen

  1. wilmamazone zegt:

    Knippen, plakken..klaar!😉

    Ik ben van het bouwjaar 1949 en maakte o.a. dus het wonder van de 1e televisie mee, zwart/wit en één zender met een beperkt aanbod.
    De ontwikkelingen op technisch gebied zitten nu al hélemaal in een stroomversnelling en ik weet niet of ik daar nou altijd zo blij mee ben en vraag me dan ook regelmatig af:
    “Moet alles zomaar kunnen omdat het kan?”

    http://nos.nl/artikel/158753-kunstmatig-leven-stap-dichterbij.html

    Kunstmatig leven stap dichterbij

    Wetenschappers zijn er voor het eerst geslaagd de controle over te nemen van een levende cel. Deze ‘mijlpaal’ is gepubliceerd in het wetenschappelijke tijdschrift Science.

    eindquote:

    Maar volgens critici zijn de gevaren even groot als de potentiële voordelen. Dr. Helen Wallace van Genewatch UK zegt tegen de BBC: “Door ze los te laten in vervuilde gebieden, om daar te helpen bij het schoonmaken, creëer je in feite een nieuw soort vervuiling.” “Hij is god niet”, zegt ze. “We hebben nog geen idee hoe deze organismen zich gaan gedragen in het milieu.”

    Professor Professor Ethiek Julian Savulescu van de universiteit Oxford: “De risico’s zijn ongeëvenaard. We hebben nieuwe veiligheidsstandaarden nodig voor dit soort vergaand onderzoek. En we moeten worden gevrijwaard van misbruik door de defensie-industrie en terroristen.” “Deze techniek kan worden gebruikt om de meest krachtige bio-wapens denkbaar te maken.”

    http://noorderlicht.vpro.nl/artikelen/43501516/

    Daar is de synthetische bacterie
    Leven ‘geschapen’ uit nagemaakte genetische code

    Onderzoekers van het J. Craig Venter Instituut zijn erin geslaagd een ‘lege’ bacterie tot leven te wekken door er synthetisch DNA in te stoppen. Zo herschiepen ze Mycoplasma mycoides, een bacteriesoort die al bestond. Het is een eerste stap naar… ja, wat eigenlijk?

    Dat hij ermee bezig was, wist iedereen. Eigenlijk had de beroemde geneticus Craig Venter zelf verwacht een jaar of drie geleden al klaar te zijn. Maar de uitdaging bleek groter dan voorzien. Nu is het dan toch zo ver: Venter’s onderzoeksinstituut heeft al het erfelijk materiaal van een bacterie vervangen door een in het lab gemaakte sliert DNA, die vervolgens de controle over de cel overnam.

    De zo ontstane bacterie kon zich vermenigvuldigen en is dus de eerste synthetische levensvorm ooit, zou je met een beetje goede wil kunnen zeggen. De mijlpaal, die in Science wereldkundig is gemaakt, onderstreept nog een keer dat DNA de kern van het leven vormt, en dat de mensheid daaraan naar believen kan sleutelen. Het tijdperk van de synthetische biologie is nu echt begonnen, en de mogelijkheden lijken eindeloos.

    Het is natuurlijk niet zo simpel als dat klinkt. Uit het artikel in Science blijkt………

    Het is een eerste stap naar… ja, wat eigenlijk?

  2. Prima artikel van Noorderlicht. As usual. Ik heb me inderdaad beperkt tot een beetje knippen en plakken.

    Mooie extra links:

    Nature asked eight experts about the implications of the J. Craig Venter Institute’s latest creation:

    http://www.nature.com/news/2010/100520/full/news.2010.255.html

    en

    http://www.edge.org/3rd_culture/age_of_wonder10/age_of_wonder_index.html

    met meer over Venter et al o.a. een 2009 masterclass met fillempies http://www.edge.org/3rd_culture/church_venter09/church_venter09_index.html#video5

    en Venter en Dawkins

    http://de.sevenload.com/videos/tpFRSrY-DLD08-Day-2-Life-a-gene-centric-view

  3. Graig Venter is een held. Dit is echt briljant!

  4. wilmamazone zegt:

    Prima artikel van Noorderlicht. As usual. Ik heb me inderdaad beperkt tot een beetje knippen en plakken.

    Ik ook en dat bedoelde ik dus met mijn:

    Knippen, plakken..klaar!😉

    Ff naar de site van Jonkers (Don’t)WTK, waar ik hetzelfde bericht gisteren plaatste, klikkerdeklik en hupsakee!
    Ik was al snel *ahum*, maar het zou kunnen dat dit een absoluut record was.

  5. @ Bram

    Als jij dit al briljant vindt, kijk dan eens hier:

    We are currently developing strategies to apply this methodology to multicellular organisms including efforts to create a 21 amino acid transgenic mouse.

    http://schultz.scripps.edu/research.php

  6. Tealon zegt:

    Leuke ontwikkeling maar we zijn er nog zeker niet. Men dacht namelijk dat Venter het al een aantal jaar geleden voor elkaar had. Misschien is deze ontdekking ook al een tijdje geleden gedaan, maar gewoon nog niet gepubliceerd vanwege de concurrentie. Vaak gaat men namelijk over tot publiceren als ze al halverwege de volgende stap zijn.

    Het zou mooi zijn als we nu vervolgens een schoon cel systeem kunnen maken. Dat zou het onderzoek naar verschillende eiwitten aardig makkelijker maken.

  7. wilmamazone zegt:

    @Tealon

    Het zou mooi zijn als we nu vervolgens een schoon cel systeem kunnen maken. Dat zou het onderzoek naar verschillende eiwitten aardig makkelijker maken.

    Kan/mag er dan een link gelegd worden naar jouw scriptie over stamcellen of denk ik nu verkeerd?:

    https://cryptocheilus.wordpress.com/2010/04/06/hiv-is-zijn-eigen-aanjager/#comment-18587

    Hier het abstract van de scriptie van Tealon:

    https://cryptocheilus.wordpress.com/2010/04/06/hiv-is-zijn-eigen-aanjager/#comment-18597

  8. wilmamazone zegt:

    http://noorderlicht.vpro.nl/artikelen/43508570/

    za 22-05-2010

    Star water
    Opgeloste zouten hebben méér invloed op watermoleculen dan eerder gedacht

    Amsterdams onderzoek brengt aan het licht dat zouten een bijzonder effect kunnen hebben op het water waarin ze worden opgelost. De tussenliggende watermoleculen kunnen zich nog maar mondjesmaat bewegen. Misschien speelt dat wel een rol bij belangrijke processen in ons lichaam.

    Als de soep iets te flauw is, dan doet een snufje zout wonderen. Voor de meeste mensen is dat pure routine. Bepaald niet iets om vragen bij te stellen. Maar bij het AMOLF instituut in Amsterdam denken ze daar anders over. Daar hebben ze wel vragen. Niet uit culinaire, maar uit fundamenteel-wetenschappelijke belangstelling. Wat gebeurt er allemaal in dat water? Hoe sterk is bijvoorbeeld de invloed van de opgeloste zoutdeeltjes, de positieve en negatieve ionen, op de moleculen van het water? Hoeveel watermoleculen hebben ‘last’ van zo’n ion?

    Het belang van een antwoord op zulke vragen gaat veel verder dan het zout alleen. Het leven zelf, daar gaat het om. Mensen bestaan voor ruim tweederde uit water. Vrijwel alle processen in ons lichaam vinden er in plaats. Denk aan biochemische reacties en processen – het opvouwen van complexe eiwitmoleculen bijvoorbeeld. Maar er is meer. Chemie hoog in de atmosfeer, in minuscule aerosoldruppeltjes, draait ook om water. Processen in planten – fotosynthese bijvoorbeeld: waterige omgevingen. Het belang van water is niet te onderschatten.

    eindquote:

    Tielrooij denkt ook dat de onderzoeksresultaten tot beter begrip zullen leiden van zogenaamde co-solvents, die onderzoekers gebruiken om bepaalde eiwitten op te kunnen lossen. “Met bepaalde ionen zorgen ze er dan voor dat eiwitten een ruimtelijke structuur krijgen waardoor ze beter oplossen. Het ligt voor de hand dat ook daar het door ons waargenomen effect een rol speelt.”

    Daarmee zijn we dan al knap dicht in de buurt van één van de uitgangspunten voor het onderzoek: het leven zelf. In de menselijke biologische machinerie maken eiwitten en andere grote biomoleculen het verschil tussen gezond zijn of ziek worden. En hun functioneren is afhankelijk van de interactie tussen functionele molecuulgroepen en ionen, zoals calcium. Tielrooij: “Het zou best kunnen dat de structuur en beweeglijkheid van het tussenliggende water bepalend is voor de functie van zulke biochemische systemen.”

    K.J. Tielrooij e.a.: Cooperativity in Ion Hydratiation, in Science, 21 mei 2010.

    (dikgedrukt door mij)

  9. jennyj0 zegt:

    @ Wilma,

    Star water
    Opgeloste zouten hebben méér invloed op watermoleculen dan eerder gedacht

    Dit bewijst toch wel de homeopathie he? Toch?

    Wedje maken hoe lang het duurt tot dit wordt aangevoerd als bewijs voor homeopathie?😆

  10. Ollie B. Bommel zegt:

    Voor wie liever luistert dan leest hier de persconferentie in woord en beeld:

    De comments onder de clip zijn bij vlagen ook hilarisch.

  11. Het is zeker de moeite waard om hier eens verder te lezen.

    http://www.reddit.com/r/IAmA/comments/c6kd6/i_am_one_of_the_creators_of_the_first_synthetic/

    Eén van de onderzoekers/auteurs (MrTypie) beantwoordt hier vragen op een forum.

  12. wilmamazone zegt:

    Voorzien van tenenkrommende chocoladeletterkoptekst en bijbehorende suggestieve foto:

    http://www.volkskrant.nl/wetenschap/article1381426.ece

    WETENSCHAPPERS MAKEN FRANKENSTEIN-BACTERIE

    Amerikaanse wetenschappers zijn er na vijftien jaar puzzelen in geslaagd ‘synthetisch leven’ te creëeren.

    De wetenschappers hebben een lege cel laten functioneren door er kunstmatig DNA in te stoppen, schrijven ze in het wetenschappelijke tijdschrift Science.

    quote:

    Wetenschappers die de doorbraak simpel proberen uit te leggen, maken een vergelijking met een computer. De lege cel waar Venter mee is begonnen, is als een pc zonder software. Het DNA van de andere bacterie is dan de nieuwe software. Zet je die op de computer, dan is er een ‘nieuwe’ computer ontstaan.

    Doorbraak

    Daar zit meteen ook de kritiek die Venter te verduren heeft. Kritische wetenschappers stellen dat hij geen synthetisch leven heeft gecreëerd, omdat de lege cel (de computer) er al was. Toch beschouwen de meeste wetenschappers de resultaten van het onderzoek als een doorbraak, vooral omdat ‘de computer’ zichzelf weet voort te planten.

    Inclusief het research artikel, dat dan wel weer.

    De ronkende koptekst vanwege de kijk/koopcijfers?:

    Meer hier over zaterdag in de wetenschapsbijlage van de Volkskrant (p. 5)

    Wedje maken hoe lang het duurt tot die wordt aangevoerd als bewijs door wie allemaal?

  13. De onderzoeker zegt hier zelf dit over:

    I think it’s frustrating that every news article I’ve read has the basic format of “X happened, but scientist Y considers it not that important, and group Z finds this highly unethical and dangerous.”
    X, Y, and Z are all valuable things to talk about, but they don’t deserve equal time. With the very limited amount of space available to convey scientific advances to the public, I wish more energy was put into attempting to explain exactly what we did.

    En dat QFT ik.

    Het is soms heel moeilijk uit te leggen wat (het) onderzoek nu werkelijk inhoudt omdat het zo specialistisch is. Dat Noorderlichtartikel is een goede aanzet. Het probleem is dat mensen die geen specialistische kennis bezitten willen praten over onderwerpen waar ze wél ‘verstand’ van hebben of een mening over kunnen formuleren. Het hele onderzoek wordt dan naar hun niveau getrokken.

    Dat gaat dan zelden over het onderzoek maar meer over stokpaardjes zoals ethische vragen.

  14. Ollie B. Bommel zegt:

    @Wilma Jammer dat de VK er niet in slaagt het belangrijkste nieuwtje over te brengen: dat het een nieuw synthetisch, door de mens geprogrammeerd DNA is. (en niet zómaar ‘nagemaakt’)

    Gevalletje klok en klepel weer.

  15. @ Bommel

    Dat synthetische DNA is ook niet nieuw. Kan je gewoon bestellen ‘af fabriek’ (dat is in dit onderzoek ook gebeurd). Common practice. Zijn gewoon machines voor.

    De sequentie is ook niet bepaald nieuw. Die hebben ze gewoon nagebouwd van het origineel. Wel hebben ze een aantal ‘markers’ ingebouwd.

    Nieuw is dat ze er met deze synthetische parenclusters/cassettes in geslaagd zijn zo’n lange en complete sequentie hebben weten te samen te stellen, in te bouwen én te laten repliceren.

  16. Ollie B. Bommel zegt:

    @Crypto:
    IMHO heb je vier soorten reacties.
    Specialisten op het gebied van de vinding die inhoudelijk reageren. Zelden goed te volgen, de discussie speelt zich op hoog nivo af. Kan zeer leerzaam zijn.

    Wetenschappers die de vinding uitstekend begrijpen maar specialist zijn op een ander gebied. Die kunnen een waardevolle bijdrage leveren via andere invalshoeken, bv juridisch, ethisch of economisch.
    Kan boeiend zijn. Dat hier negatieve reacties tussen zitten kan en mag. Zo werkt dat. Nieuwsartikelen met de strekking: “wow, wat goed” verkopen niet.
    De oorspronkelijke wetenschappers zouden zich hier ook niet veel van moeten aantrekken, die nieuwe discussies worden immers weer niet op hún gebied gevoerd.

    Niet-specialisten/wetenschappers die de essentie goed begrijpen en er vervolgens een boom over opzetten. Geeft vaak zeer nuttige inzichten over hoe mensen iha denken over wetenschap. Leerzaam als je hier voor openstaat. Ontaard verder niet zelden in kroegpraat.

    Niet-specialisten/wetenschappers die de essentie niet begrijpen maar ergens wel begrijpen dat er ‘iets’ is gebeurd (gelezen in de Metro bv). Tja, als die hun mond opentrekken….

    Uit mijn ervaring denk ik dat de laatste groep verreweg de grootste is. Watjes en oorstopjes klaarhouden😉

  17. jennyj0 zegt:

    Ooooh, die ethische vragen waar de mensen zo dol op zijn en die elke inhoudelijke discussie over wetenschappelijke zaken verzieken.

    Het is het menselijk handelen dat bepaalt of iets goed of slecht is, niet de kennis op zich. Kennis is neutraal.

    Klaar. Einde ethisch geneuzel.

  18. Ollie B. Bommel zegt:

    @Crypto mbt het nieuwe: die subtiliteit had ik begrepen. Grote sprongen voorwaarts zijn vaak bundelingen van min of meer bekende technieken die pas vernieuwend zijn als ze gecombineerd worden toegepast waarbij nieuwe, soms schijnbaar triviale problemen worden opgelost tijdens het proces van ‘ontdekking’.

    Ik formuleerde het op één aggregatienivo hoger: we hebben een platform, een toolkit, waarbij we nu werkende cellen kunnen maken met zelfbedacht DNA, cq een zelfbedachte payload op een veel efficiëntere en vooral beter gecontroleerde manier dan het inserten van stukken DNA in bestaande cellen.

  19. Ollie B. Bommel zegt:

    @JJ
    “Kennis is neutraal”
    Whoohaaa: een zeer levensbeschouwelijke stelling. Zéér vatbaar voor discussie. (niet met mij overigens)
    Of moet ik zeggen: het langs elkaar heen praten over dogma’s… hihi

  20. wilmamazone zegt:

    http://noorderlicht.vpro.nl/artikelen/42630370/
    ma 19-10-2009

    De maakbare mens
    Tussen fictie en fascinatie

    De maakbare mens is een verzameling essays over het thema mens en machine. Waar robots, cyborgs en gentherapie lange tijd vooral voer waren voor science-fiction schrijvers, is het tegenwoordig onderwerp van studie van vele wetenschappers. En dat onderzoek verloopt voorspoedig. In dit boek proberen wetenschappers van verschillende vakgebieden het begrip maakbare mens te verklaren.

    eindquote:

    Een bijkomend probleem in het debat over de maakbare mens is dat deelnemers vaak onvoldoende geinformeerd zijn. Onder invloed van horrorvoorbeelden uit literatuur en film (Frankenstein, The Matrix, De mogelijkheid van een eiland, etc) is het voor de media vaak interessanter om te berichten over excessen en uitzonderingen, zonder daarbij de juiste wetenschappelijke achtergrond te geven. Zo blijft een ééndimensionaal schrikbeeld bestaan, terwijl de realiteit behalve wellicht minder beangstigend toch zeker ingewikkelder is.

    Want eng blijft het ook. Computers verdubbelen hun rekenvermogen iedere 18 maanden, en hun capaciteit om zelfstandig te leren neemt ook hard toe. De Britse natuurkundige Stephen Hawking waarschuwde in 2001 in het Duitse blad Focus dat we moeten voorkomen dat computers machtiger worden dan de mens. Niet door de computers en robots op de brandstapel te zetten, maar door te zorgen dat de mens minstens zo slim wordt. Desnoods met genetische verbeteringen, implantaten en andere extensies die de mens naar een hoger plan kunnen trekken.

    Techniek-filosoof Peter-Paul Verbeek was afgelopen week ook te horen bij Noorderlicht Radio.

    http://noorderlicht.vpro.nl/artikelen/43041508/
    vr 29-01-2010

    Slimme pillen
    Altijd een digitale vinger aan de pols

    Mobieltjes worden steeds slimmer en staan continu in verbinding met het internet. Voeg nog een paar sensoren toe en je hebt de bouwstenen voor een digitale revolutie in de gezondheidszorg.

    eindquote:

    Vloek of zegen?
    Topol zou wel eens gelijk kunnen krijgen met zijn voorspelling. De vraag is wel of iedereen daar ook blij mee zal zijn. Want je eigen gezondheid in de gaten houden mag dan leuk zijn, een dokter die 24 uur per dag over je schouder meekijkt is weer een heel ander verhaal. Hoe zal het voelen om een vermanend sms-je te krijgen als je je pil niet op tijd inneemt, of een boze dokter aan de lijn te krijgen als je niet je dagelijkse wandelingetje maakt?

    Om nog maar te zwijgen van de waarde die al deze gegevens voor verzekeraars zouden kunnen hebben. Aan mensen met een gezonde levensstijl kleven immers veel minder financiële risico’s dan aan mensen met een ongezond leefpatroon. Dat onderstreept het belang van de privacy van persoonlijke gegevens.

    Maar er zitten natuurlijk niet alleen schaduwzijden aan de digitale medische revolutie. Met behulp van het monitoren van allerlei lichaamsprocessen kunnen gezondheidsrisico’s al in een vroeg stadium worden vastgesteld. Dat kan veel geld schelen. En nog belangrijker: mensenlevens.

    Bouwe van Straten

    Eric Topol, ‘Transforming medicine via digital innovation’, in Science Translational Medicine, 28 januari 2010.
    ‘Pills get smart: Potential encapsulated’, in The Economist, 14 januari 2010.

  21. jennyj0 zegt:

    Ik weet dat het voor veel mensen vatbaar is voor discussie Ollie, maar niet wat mij betreft. Uiteindelijk bepaalt de mens zichzelf door zijn handelen.

  22. Tealon zegt:

    @wilmamazone

    Nee, ik vind dit een goede ontwikkeling omdat veel onderzoek nu nog gedaan wordt met saccharomyces cerevisiae, oftwel bakkersgist. In deze gist zijn vergeleken met andere cellijnen weinig verschillende eiwitten aanwezig. Echter, toch willen sommige experimenten, zoals two-hybrid assays, soms niet lukken vanwege het feit dat andere eiwitten het experiment dwars zitten.

    Een schoon cell systeem zou dan ook een cellijn zijn waar alleen maar de minimale benodigdheden aanwezig zijn voor het overleven. Op deze manier voorkom je ongewenste interacties tijdens je experimenten.

  23. wilmamazone zegt:

    @Tealon

    Ik snap geloof/dacht ik een ietsiepietsie wat jij bedoelt te zeggen, maar den oortjes klapperen óók en het kwartje is niet eens halverwege.

    Zijn er ook afbeeldingen of filmpjes over dit soort experimenten? Dat wil bij mij weleens helpen om het kwartje in ieder geval op de helft te krijgen.

  24. Tealon zegt:

    Op wiki staat wel een aardig verhaal over two-hybrid assays: http://en.wikipedia.org/wiki/Two-hybrid_screening

    Kijk hierbij vooral goed naar het Strengths and weaknesses verhaal.

    Naast deze info een korte simpele uitleg van mijzelf: In een two-hybrid assay ga je kijken of twee eiwitten met elkaar interacteren. Oftewel doen ze iets met elkaar of juist niet? Dit doe je door de twee eiwitten met een speciale constructie bij gist in te brengen. Daarna zet je de gist op een speciale voedingsbodem en kijk je of deze wil groeien. Groeit de gist dan is er interactie tussen je twee eiwitten.

  25. wilmamazone zegt:

    Simon ZekerWeten Rozendaal:

    http://www.elsevier.nl/web/Opinie/Simon-Rozendaal/266459/Lang-leve-het-DNAkapitalisme.htm

    Voor degenen die geen account willen aanmaken:

    http://www.elsevier.mobi/pl/svt/si/elsevier/po/opnl/dk/elsevier.05-24-2010.0492p0000/sc/els_opinieonly/ms/Gu5HISbmSE/r/1274781877/pa/159517

    Lang leve het DNA-kapitalisme!

    Verdomd. Hij heeft het weer geflikt! Vorige week stond in Science dat een groep onderzoekers onder leiding van J. Craig Venter er in is geslaagd om een soort van synthetisch leven te maken.

Geef een reactie

Vul je gegevens in of klik op een icoon om in te loggen.

WordPress.com logo

Je reageert onder je WordPress.com account. Log uit / Bijwerken )

Twitter-afbeelding

Je reageert onder je Twitter account. Log uit / Bijwerken )

Facebook foto

Je reageert onder je Facebook account. Log uit / Bijwerken )

Google+ photo

Je reageert onder je Google+ account. Log uit / Bijwerken )

Verbinden met %s

%d bloggers op de volgende wijze: